Ancaman separatisme merupakan salah satu tantangan domestik terbesar bagi keamanan Indonesia, menempatkan Tentara Nasional Indonesia (TNI) pada posisi sentral untuk mencegah dan menindak aksi separatisme. Berdasarkan undang-undang, TNI memiliki tugas mempertahankan keutuhan NKRI dari segala bentuk ancaman, baik dari luar maupun dalam negeri. Aksi separatisme yang bertujuan memisahkan diri dari Negara Kesatuan Republik Indonesia dianggap sebagai ancaman serius terhadap kedaulatan dan stabilitas. Oleh karena itu, strategi TNI tidak hanya berfokus pada penindakan bersenjata, tetapi juga pada pendekatan teritorial dan kesejahteraan untuk menghilangkan akar permasalahan. Berdasarkan Laporan Strategis dari Badan Intelijen Negara (BIN) pada Juni 2025, operasi penanganan separatisme yang sukses 70% di antaranya menggunakan pendekatan teritorial (soft approach) yang humanis.
Tugas TNI dalam mencegah dan menindak aksi separatisme dilakukan melalui Operasi Militer Selain Perang (OMSP) yang spesifik. Di wilayah yang rawan konflik, TNI mengedepankan operasi teritorial yang bersentuhan langsung dengan masyarakat. Pendekatan ini mencakup pembangunan infrastruktur, penyediaan layanan kesehatan gratis, dan pendidikan, yang bertujuan untuk memenangkan hati dan pikiran rakyat (hearts and minds). Dengan meningkatkan kesejahteraan dan rasa memiliki terhadap negara, dukungan terhadap aksi separatisme diharapkan berkurang secara signifikan. Misalnya, Satuan Tugas TNI AD di wilayah pegunungan Papua secara rutin mengadakan Medical Outreach setiap hari Jumat, 20 Februari 2026, yang telah membantu lebih dari 500 warga setempat mendapatkan akses kesehatan dasar.
Meskipun pendekatan kesejahteraan diutamakan, TNI juga memiliki kapasitas dan wewenang untuk menindak aksi separatisme bersenjata jika tindakan persuasif gagal. Penindakan ini dilakukan melalui Operasi Penegakan Hukum dan Operasi Pemulihan Keamanan, yang harus selalu mengedepankan prinsip Hak Asasi Manusia (HAM) dan sesuai dengan hukum militer yang berlaku. Sinergi antara TNI dan Kepolisian Negara Republik Indonesia (POLRI) sangat penting dalam fase penindakan ini, di mana TNI berfungsi sebagai kekuatan utama dalam operasi tempur, sementara POLRI fokus pada penegakan hukum sipil.
Komando Gabungan Wilayah Pertahanan (Kogabwilhan) memainkan peran penting dalam mengkoordinasikan operasi di wilayah konflik. Melalui struktur komando yang terpadu, TNI dapat menggerakkan sumber daya dari ketiga matra (AD, AL, AU) secara efisien untuk mempertahankan keutuhan NKRI. Dengan kombinasi pendekatan humanis untuk pencegahan dan kesiapsiagaan militer yang tinggi untuk penindakan, TNI memastikan bahwa kedaulatan Indonesia tetap utuh dan bahwa setiap aksi separatisme tidak akan pernah mendapatkan ruang untuk berkembang.